Томас Андерсен живёт двойной жизнью. Днём он примерный работник офиса, а ночью - хакер с ником Нео, который взламывает на заказ самые защищённые компьютерные системы. Нет таких кодов, которые он не смог бы расшифровать, а значит он может быть весьма полезен для секретной организации. Однажды программисту назначает встречу таинственная незнакомка, приглашающая героя в ночной клуб. Тринити, так зовут девушку, убеждает Тома встретиться с её наставником Морфеусом. Тот открывает персонажу правду и уговаривает Нео примкнуть к борьбе с искусственным интеллектом, поработившим человечество. Не раздумывая, смельчак соглашается, не подозревая о череде трудностей, с которыми столкнётся совсем скоро.
